研究员，博士生导师。1958年3月生。1982年毕业于云南大学生物系，获学士学位。1982－1996在中国科学院昆明动物研究所从事计算生物学研究工作，先后任研究实习员、助理研究员、副研究员；1997年获英国“Royal Society K. C. Wong Fellowships”，作为英国皇家学会研究员在剑桥大学生物化学系从事基因及蛋白质家族的进化研究。1998—现在，在中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室工作，现任中国科学院昆明动物研究所副所长、研究员、博士生导师，中国科学技术大学博士生导师，云南省遗传学会副理事长，中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室学术委员会委员,《动物学研究》编委。长期以来，主要从事基因及蛋白质家族与超家族的结构及其功能的进化研究。曾承担过国家基金、中科院“十五”重大项目、云南省应用基础研究基金重点及面上项目等多项科研项目；目前承担“973”子课题2项，国家基金创新群体项目1项、重点项目1项，中科院创新重要方向项目1项。先后在Mol. Biol. Evol.、FEBS Lett.、Structure、Acta Crystall.、J. Mol. Struct.、J. Theor. Biol.、J. Mol. Model.、Mammalian Genome、PLoS ONE、BMC Bioinformatics等刊物发表论文50余篇。曾获中国科学院自然科学三等奖和云南省自然科学一等奖各1项。已培养博士、硕士研究生20余名。

蛋白质功能演化的结构基础、蛋白质与基因进化的机制、蛋白质相互作用网络及其功能演化、基于蛋白质进化的干扰肽的设计、复杂疾病机理及其潜在药物靶点的发现研究。

曾承担过国家基金、中科院“十五”重大项目、云南省应用基础研究基金重点及面上项目等多项科研项目；目前承担“973”子课题2项，国家基金创新群体项目1项、重点项目1项，中科院创新重要方向项目1项。

1992年度中国科学院自然科学三等奖；

1997年度英国Royal Society KC Wong Fellowships;

2001年度云南省自然科学一等奖

1. Sowdhamini R, Burke DF, Huang J-F, Mizuguchi K, Nagaaraajaram HA, Srinivasan N, Steward RE. and Blundell TL. CAMPASS: A Database of Structural aligned Protein Superfamilies. Structure, 1998. 6: 1087-1094.
2. Sowdhamini R, Burke DF, Deane CM, Huang J-F. Mizuguchi K, Nagaaraajaram HA, Srinivasan N, Steward, RE and Blundell TL. Protein 3D Structural Databases: Domains, Structurally Aligned Homologues and Superfamilies. Acta Crystall. D, 1998.54：1168-1177.
3. Huang JF, Liu CQ. Identification of protein superfamily from structure-based sequence motif. Chinese Sci. Bull., 2002, 47: 1377- 1381. 
4. Shi XF, Liu SX, Xiangyu JG, Zhang YP, Huang JF, Liu SQ, Liu CQ. Strcuture analysis of human CCR2b and Primate CCR2b by molecular modeling and molecular dynamics simulation. J. Mol. Model., 2002,8: 217-222.
5. Huang JF, Different protein tyrosine phosphatase superfamilies resulting from different gene reading frames. Mol. Biol. Evol. 2003, 20: 815-820. 
6. Lin J, Huang JF. Evolution of phenylalanyl-tRNA synthetase by domain losing. Acta Biochim. Biophy. Sin., 2003, 35(12): 1601-1605. 
7. 黄京飞. 2005. 蛋白质序列、结构与功能的进化关系及其挑战.《21世纪100个交叉科学难题》，李喜先主编，科学出版社（北京），497－501。 
8. Tang SN, Huang JF. Evolution of different oligomeric glycyl-tRNA synthetases. FEBS Lett., 2005, 579: 1441-1445. 
9. Li Y, Huang JF. Identification and molecular evolution of cow CENP-A gene family. Mamm. Genome, 2008, 19(2):139-143.
10. Li, G-H, Huang, J-F. CMASA: an accurate algorithm for detecting local protein structural similarity and its application to enzyme catalytic site annotation. BMC Bioinformatics, 2010, 11: 439-451.
11. Zhang WQ, Wu WW, Dai L, Zhou PF, Lin WC, Zhang Y, Huang JF, Zhang DL. Deciphering Heterogeneity in Pig Genome Assembly Sscrofa9 by Isochore and Isochore-like Region Analysis. PLoS ONE, 2010, 5 (10): e13303.doi:10.1371/journal.pone.0013303.